盐城市有美丽的河流和湖泊，给人们带来航行灌溉之利，也把家乡点缀得分外妖娆。市域内河流分属淮河水系和沂、沭、泗水系，废黄河以南地域属淮河水系，流域面积13275平方公里，占总面积的91.4%；废黄河及其以北属沂、沭、泗水系，流域面积1709平方公里，占总面积的8.6%。

　　主要河流

　　东台河　又名灶河。清乾隆五年（1740年）疏浚。西起东台城，经庙子口、六灶、蹲门口入海，全长59公里。1955年整治。整治后的河道，从东台城东通榆河至蹲门口入海，全长55公里，流域面积479平方公里。历史上最大流量为396立方米/秒。

　　斗龙港　又名龙开河、牛湾河。原上游在五十里河，向东经新丰、龙王庙、下明闸入海，全长60公里。1965年整治。整治后的斗龙港，西从郊区的孙同庄起，经串场河、方强、三隆、斗龙港闸入海，全长78.2公里，流域面积4428平方公里，是里下河地区排水入海的天然干河。
新洋港 古称洋河。西起蟒蛇河，穿串场河，通榆运河，经南洋岸、黄尖至新洋港闸入黄海，全长69.8公里，流域面积2478平方公里，是里下河地区腹部排水入海的主要河道之一。

　　黄沙港　又名十丈河、野潮洋。西起黄土沟，经上冈镇、新黄沙港闸入海，全长88.9公里，流域面积865平方公里。此水道改善了里下河地区的排水状况，直穿建湖县有名的洼地，加快了排水速度，提高了洼地的抗涝能力，兼利通航百吨级的船只。

　　射阳河　古名潮河，又名射陂，也称射阳港，是由射阳湖湖水冲蚀而成的天然河道，河也由此得名。源于射阳湖荡，经永兴、阜城、鲍家墩、通兴镇入海，全长198公里，流域面积4036平方公里。河道曲折，支流众多，市域内长度133公里。是里下河地区排水入海的最大天然干河。
苏北灌溉总渠 简称灌溉总渠，1952年开挖。西起洪泽湖边高良涧闸，经淮安、苏嘴、通榆、栖鹤港（旧名扁担港）入海，全长168公里，流域面积2969平方公里，市域内长度91.41公里。总渠是排洪、灌溉、航运综合利用的河道。抗旱，可引洪泽湖水500立方米/秒；行洪，可泄水800立方米/秒。

　　串场河　位于里下河地区东部。始挖于唐大历元年（公元766年）。原是常丰堰（范公堤的前身）复堆河。明、清时为串通各盐场，7次疏浚，至清乾隆三年（1738年）全线挖通。南起海安县城，经富安、安丰、东台、刘庄、盐城、上冈至阜宁，通射阳河。因此河道串通各盐场，得名"串场河"。建国后，50年代起多次裁弯拓浚，全长180公里，市域内长度160公里。此河对沟通南北水上交通和调节沿河地区排灌用水起有重要作用。

　　通榆运河　位于里下河地区的东侧，1958年开挖。规划南起南通市，北达赣榆县，河由此得名，全长420公里。目前， 已开挖段南起海安县新通扬运河，沿串场河东侧北上，到阜宁县入射阳河，河长154公里，用于排灌。阜宁县射阳河以北尚未竣工。今后全线挖通，将又是一条贯通南北的重要航道。

　　主要湖泊

　　大纵湖　又名大湖（《明史·河渠志》）、太湖(《行水金鉴》)位于盐城市西南，与兴化市交界处，因地处蜈蚣湖以北，又名北湖或后湖。原由古泻湖演变而来，约形成于南宋以前。湖畔呈圆形，东西长6公里，南北宽5.5公里，面积33平方公里，水深1.5米，蓄水量4.95万立方米。主要进水河道为南部和西部的鲤鱼河、大溪河，主要排水河道为东北部的蟒蛇河。湖中多鲤、鲫、草、青、鲢、鳙等鱼类水产。尤以河蟹、河鳗为著，特产“大众湖醉蟹”更驰名中外。

　　射阳湖　位于西部与扬州、淮阴二市交界处。此地湖荡交错，水网纵横。建湖县的蒋营、荡中、恒济、颜单和阜宁县的马荡等乡荡面尤多。射阳湖为最大的湖荡，荡面24平方公里。荡区芦苇丛生，莲藕飘香，鱼虾丰美。