南通市生态类型多样，有野生脊椎动物600多种，其中哺乳动物30多种，爬行动物20多种，两栖动物10余种，近海鱼类130多种，长江水域鱼类57属93种，鸟类17目54科348种。有白鳍豚、中华鲟和丹顶鹤等国家一级保护动物11种和二级保护动物40余种。有野生植物千余种，其中有7种为国家保护物种。有药用植物、动物和矿物1152种，其中药用植物共1098种。

　　全市滩涂总面积11.13万多吨，还有河鳗苗、河蟹苗、对虾、三疣梭子蟹和沙蚕等水产资源。南通市拥有丰富的自然风景旅游资源，是全国49个旅游城市之一。

　　南通市的煤藏分布于狼山、平潮一线，储量3800万吨。石油储藏于海安县境内。启东、海门及长江一带贮有浅层天然气，储量2.2亿立方米，南黄海为油气资源远景区。海安县尚有泥炭分布。南通市还有铁矿、花岗岩、大理岩、砖瓦粘土和矿泉水与地热水等矿产资源。