忠魂亭是雨花台烈士陵园区的“句号”工程，由南京市30万共产党员交纳特殊党费兴建。该建筑由“忠魂亭”、“忠魂广场”、《思源曲》水池、《忠魂颂》浮雕四部分组成，于1996年7月1日竣工。“忠魂亭”由江泽民题写亭名，位于主体建筑群南端海拔43米的坡顶上。用花岗石砌成，主体建筑长、宽各边长5.8米，高8.3米，尖顶四门方型钢筋混凝土结构。西面亭裙刻有南京市30万共产党员捐资兴建的标识。

　　忠魂广场位于忠魂亭与纪念馆之间，占地面积约3000平方米。金刚砂石铺就的地面，厚重坚韧，突出了忠魂亭深沉壮观的氛围。

　　《思源曲》水池在忠魂亭北坡和忠魂广场南缘间，长20米，宽15米，深1.5米。寓意“不忘先烈，永志纪念；饮水思源，代代相传”。由江苏省美术馆组织艺术家设计创作的《忠魂颂》浮雕，立于《思源曲》东西两侧，长20米，高3米。浮雕的主题为“狱中斗争”和“刑场就义”，涵盖了英烈威武不屈、悲壮卓绝的历史风采。