栖霞区境内低山丘陵与洲圩平原交错，山丘、平原、水面、滩涂资源丰富。区境属北亚热带地区，受海洋季风影响，四季分明，气候温和湿润，年平均温度153℃，无霜期7个月，年均降水量1000毫米。得天独厚的自然环境为地区经济发展提供了优越条件。

　　野生植物资源栖霞区地形复杂，低山、丘陵、岗地、平原、洲地兼有，野生植物资源丰富。

　　药用植物栖霞区内野生药用植物达790多种。

纤维植物主要有柳、化香、榆、桑、构、苎麻、野葛、紫藤、南蛇藤、茶条、蓉麻、芦竹、芦苇、白茅、蒲、野灯芯草等。

　　淀粉植物以栓皮栎、麻栎、白栎、菝葜、芡、菱、括楼、野燕麦、百合、土伏苓、山慈菇、石蒜、贯众等为主。

　　油脂植物以山胡椒、乌桕、白叶野桐、野梧桐、木腊、算盘子、狭叶山胡椒等为主，多为工业用油脂植物。

　　芳香植物主要有山胡椒、狭叶山胡椒、石竹、藿香、薄荷黄花蒿、艾蒿、茵陈蒿、野菊等，所提取的芳香油，供化妆、制皂、食品和医药用。

　　树脂树胶植物树脂植物主要有马尾松、黑松、枫香、野漆树等，树胶植物有臭椿、皂荚、乌蔹莓、石蒜等。

　　保健植物有野山楂、悬钩子、金樱子、胡颓子、牛奶子、君迁子等。

　　野生动物资源据中国动物地理区划，栖霞区的动物区系属东洋界中印亚界华中区东部丘陵平原亚区。在生态地理动物群方面，属亚热带林灌、草地—农田动物群。牙獐原为长江中下游地区有蹄类的优势种，扬子鳄、白鳍豚、江豚、中华鲟等为特有动物，已少见。

　　鱼类据不完全统计，栖霞区有鱼类18种。长江干流或支流中，有中华鲟、鲥鱼、长颌鲚、白鲟、刀鱼、银鱼、鳗鲡、棒花鱼、蛇鲍、南云马口鱼、青鱼、草鱼、飘鱼、逆鱼、大鳞泥鳅、刺鳅。

　　爬行类有大头乌龟、乌龟、黄喉水龟、鳖、石龙子、北草晰、赤链蛇、双斑锦蛇、黑背蛇、虎斑游蛇、乌梢蛇、蝮蛇、丽效蛇、扬子鳄。

　　哺乳类有大蹄蝠、菊头蝠、黄鼬、鼬獾、猪獾、狗獾、大灵猫、豹猫、狐、田鼠、豪猪、河狸、野兔、牙獐、江豚、白鳍豚、刺猬。

　　栖霞区地质构造属宁镇褶皱带，是南京铅、锌、银的主要产地。石灰石、白云石、石膏等非金属矿储量丰富。