栖霞区地形大势为南高北低。境内无海拔300米以上低山(紫金山海拔4489米，原为区境内唯一低山，1999年划入玄武区境)，南部有南象山、北象山、栖霞山等丘陵，与岗地呈连片分布。北部为沿江平原及江中洲地，地势低平。内丘陵分布较广，以山体单薄，山势和缓低矮为特征。以长江南岸幕府山、栖霞山、龙潭东西向一线，海拔50～300米，即宁镇山脉西段北支。其中有幕府山、直渎山、南象山、北象山、栖霞山、灵山、青龙山等几十座。

　　栖霞山位于尧化门东北１１公里处，北临大江，东与龙潭擂鼓台相望，西隔九乡河与南、北象山相对，南与岗地相连，呈孤峰之势，形如伞，山中多药草可以摄生，故又称“摄山”。南朝时建栖霞寺于此，故名“栖霞山”。山体自南而北有三条山岭组成，南为景致岗，中为千佛岭，北由黑石石当、平山头、三茅峰组成。栖霞山之主峰三茅峰，呈圆锥形，海拔2847米。栖霞山面积约４平方公里，山体主要由石灰岩、砂岩等组成，北麓由带状花岗岩分布。地质学上的“栖霞灰岩”源于此。

　　栖霞山古来为江南名胜之一。满山广布枫香、乌桕、槭树等阔叶树，每到深秋，层林尽染，丹霞一片，素有“秋栖霞”之美称。

　　栖霞山蕴藏丰富的铅、锌、银、石灰石等矿藏资源，铅、锌、银等矿已开采多年。

　　幕府山北临长江，属宁镇山脉北支西段。据《景定建康志》载，东晋丞相王导建幕府于此山，故名幕府山。山体呈东北—西南走向，长6公里，宽约15公里，面积10平方公里左右。山体北侧为断层线，成峭壁，多溶洞。南坡平缓，沟谷发育。山有五峰，主峰名北崮峰，偏于山体西南部，海拔204米。山体西北部有夹萝峰，俗名“夹骡峰”，峰下有达摩洞、五马渡等古迹。主产白云岩和石灰岩。幕府山区尚有炮台山、劳山、猪头山、煤炭山、铁石山、乌龟山等低丘。

　　直渎山西连幕府山，北临长江，属宁镇山脉北支。曾名岩山、严山、观音山、西十里长山。东西延伸约6公里，主峰海拔187米。山体北侧为断层线，呈北陡南缓之势。北坡悬崖上，多溶洞，有“严山十二洞”之说，以头台洞、二台洞、三台洞有名。直渎山和燕子矶相互辉映，构成南京北郊风景区。直渎山多松、槐等林地分布，北坡有大型采石场多处，1998年始，全面禁采复绿。

　　南象山、北象山位于尧化门东北4公里处。南、北象山山形似象，故名。南象山长约２公里，西南—东北走向，宽不足１公里，主峰海拔1108米。北象山略呈方形，长宽各约1公里，主峰海拔约807米。东北距栖霞寺约1公里，似栖霞寺的守门双象。主要由象山群的长石砂岩、粉砂岩及页岩组成。山区有疏林分布。

　　灵山位于尧化门东南约6公里处，清代时称“林山”，后相传有大仙在此给百姓送灵芝而改称“灵山”。山体平面略呈方形，长宽各２公里，面积约4平方公里，海拔155米，山体由石灰岩组成，有少量松林分布，山北部有灵山煤矿。

　　青龙山位于尧化门东北约19公里处，地处龙潭镇南。原名“蟠龙山”，因所产之石为青色，故亦名“青龙山”。东西走向，长约15公里，南北宽不足1公里，海拔166米。山体由石灰岩组成，是三迭系下统地层青龙组和中统地层上青龙组的命名地。