浦口区境内分属长江与滁河2条水系,以老山山脉自然分隔,以南为长江水系,以北为滁河水系。
长江在浦口区境内河道长约49公里,区内注入长江的小流域河流有驷马山河、周营河、石碛河、高旺河、城南河、七里河、朱家山河、石头河、马汊河等。
滁河在浦口区境内河道长42.8公里,滁河的主要支流清流河在我区境内河道长9公里,其它注入滁河的小流域支流有万寿河、陈桥河、永宁河。
驷马山河、朱家山河、马汊河为滁河的3条通江分洪道。
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