高淳县东部为茅山、天目山余脉结合部,是蜿蜒起伏的丘陵山区，西部为碧波荡漾的固城湖、石臼湖所环抱,是河网稠密的圩区,总面积约802平方公里。主要河流为胥河，横贯本县中部，湖泊有固城湖、石臼湖、丹阳湖。

　　石臼湖

　　是溧水县、高淳县和安徽省当涂县三县间的界湖，又名北湖，是由古丹阳湖分化而成的。湖水主要来自皖南的青戈江和水阳江水系，由当涂的姑溪河和清水河流入长江，现湖泊面积207平方公里，平均水深1.67米。 石臼湖与秦淮河有着密切的关系，在明代以前，溧水县城西南的胭脂岗是秦淮河与石臼湖的分水岭，岗北的水属秦淮河水系，岗南的水属石臼湖水系。

　　固城湖

　　位于高淳县南部，又名小南湖，湖区分属高淳县和安徽省宣城县，但以高淳县为主，在历史上与石臼湖同为古丹阳湖的一部分。现湖泊面积35.7平方公里，平均水深1.6米，湖水主要来自安徽的水阳江与青戈江水系，并可通过胥溪河和溧阳、宜兴间的漕河接通太湖水系。石臼湖东岸的固城镇是胥溪河的起点，也是春秋战国时期先后属于吴国、楚国、越国的军事要邑。