在城区外围，六合县境内北部有东平山、冶山，东南部有以玄武岩为主的方山、灵岩山；江浦县境内分布着东北－－西南向的 老山 山脉；城郊和江宁县是宁镇山脉西段的分布地，沿江边第一列（即 钟山 北支）分布着栖霞山、南象山、 幕府山 ，第二列（即钟山中支）有灵山、紫金山等，第三列（即钟山南支）的山最多，有 汤山 、方山、牛首山等；溧水、高淳县境的东部是茅山山脉的一部分。除了这些有名称的小山丘外，还有许多无名岗地间杂其中。

　　南京城区起伏不平。紫金山中支的余脉向西延伸，在太平门旁为富贵山，进城为小九华山、北极阁，继续向西连接古长江冲积物堆成的下蜀黄土岗地，把南京城一分为二，形成了秦淮河水系和金川河水系的天然分水岭。在城北锈球公园附近还有狮子山（又名卢龙山），城西有马鞍山，城南有石子岗（又名玛瑙岗、聚宝山）。